Pravděpodobně největší nedorozumění se týká Gobineauova vztahu k náboženství. Podle rozšířeného stereotypu, že konzervativní kritik Francouzské revoluce musí být zároveň ortodoxním katolíkem, byl Gobineau spojován s bigotním katolicismem. Zapomínalo se na to, že tento přispěvatel do konzervativních katolických periodik byl bezvěrcem a že duch orientální renesance jej v tomto postoji utvrzoval. Zatímco Alexis de Tocqueville byl přesvědčen, že křesťanství představovalo historickou podmínku uskutečnění moderní politické svobody, Arthur Gobineau soudil, že křesťanství jako vitální náboženství prakticky nepřežilo otřesení své teologické základny ze strany osvícenské filosofie osmnáctého století. V dopise Tocquevillovi napsal, že křesťanství se zrodilo z pudu sebezáchovy nižších vrstev antické společnosti. Bylo to spiknutí slabých proti silným. Gobineau by bezpochyby souhlasil s tehdy ještě nevysloveným názorem, že Kristus zvítězil, protože Spartakus byl poražen. Pokud by otroci a nevolníci disponovali jinými politickými nebo ideologickými prostředky k prosazení svých zájmů, než bylo učení Ježíše Krista, určitě by je použili. Ve srovnání s tehdejší Sokratovou, Platónovou nebo Aristotelovou etikou nepřišlo Evangelium s ničím opravdu originálním. Nová sekulární morálka zrozená v osmnáctém století není podle Gobineaua uceleným systémem, ale spíše nesourodým souborem praktických zásad, které nevyplývají z žádné náboženské doktríny. Arthur Gobineau na ní oceňuje snahu o nápravu společnosti; na rozdíl od křesťanské rezignace, která se smiřuje se zlem prostřednictvím pochopení jeho smyslu, morální učení moderní doby hledá kořeny zla a snaží se jej vymýtit z povrchu země. Zatímco Písmo odsoudilo člověka k fyzické dřině jako k trestu a nutnému zlu, moderní morálka činí z práce právo, které přísluší každému zdravému jedinci. Je třeba, aby morální systémy sestoupily z nebe na zem a získaly své zázemí nikoliv v božském, ale v konkrétních tělech a činnostech lidí.

Zmíněná sociálně reformistická a utilitaristická stránka Gobineauova myšlení spojená s antiklerikalismem je něčím, co bychom určitě nehledali u autora pokládaného za konzervativního reakcionáře, zapřísáhlého odpůrce liberalismu a republikanismu a stoupence aristokratického radikalismu a rasové hierarchie.

Arthur Gobineau a Alexis de Tocqueville se nedokázali shodnout ani na historickém poslání Západu. Tocqueville byl filantropem a abolicionistou; otroctví si ošklivil a politicky proti němu vystupoval, i když byl zároveň přesvědčen o nadřazenosti evropské rasy nad ostatními plemeny a varoval před rasovým míšením. Postavení černochů a indiánů v Severní Americe jej znepokojilo, nicméně nijak nezměnilo jeho názor, že Spojené státy americké jsou rovnostářskou a svobodnou společností. Sdílel mínění amerického prezidenta Andrewa Jacksona, že příslušníci bílé a černé rasy nejsou schopni ani ve svobodných podmínkách sdílet stejný politický systém. Alexis de Tocqueville schvaloval výboje v Alžírsku a dalších zámořských teritoriích, protože koloniální expanze se mu jevila jako nejúčinnější způsob šíření nejrozvinutější a nejsvobodnější lidské civilizace – zrozené z ducha křesťanství – jíž byl Západ. Po porážce sipáhijů v Indii napsal Tocqueville dopis lordu Hathertonovi, ve kterém vyjádřil uspokojení z „triumfu křesťanství a civilizace“ a vyslovil naději, že britské panství v Indii bude nyní stát na pevnějších základech. V listu Henrymu Reevesovi přivítal západní vojenskou intervenci v Číně. Tocqueville považoval za správné, že ostatní rasy jsou postupně podřizovány evropské nadvládě.

Tento etnocentrický civilizační mesianismus a liberalismus wilsonovského typu byl vzdálen Gobineauovi, který věřil, že v řadě aspektů je Korán nadřazen Evangeliu. Pokud jde o morálku, muslim nebo pohan se mohou podle Gobineaua vyrovnat nejpřísnějšímu křesťanskému asketovi. Gobineauovo sociálně relativistické dílo představovalo stejnou oslavu kulturního partikularismu jako Herderovy nebo Renanovy spisy. Arthur Gobineau kráčel ve šlépějích velkého francouzského jansenisty a orientalisty osmnáctého století Abrahama Hyacintha Anquetila- -Duperrona, který byl přesvědčen, že civilizační zkušenost je nepřenosná. Podle Gobineaua se civilizace předává krví a pokud nebudou Francouzi v Alžírsku nebo Angličané v Indii ochotni se mísit s domorodým obyvatelstvem, postrádá jejich přítomnost smysl.

Gobineau na rozdíl od Tocquevilla přikládal zvláštní váhu dvěma událostem evropských dějin: expanzi germánských barbarů a renesanci. Bez barbarů by nebyla možná obnova evropské společnosti po pádu Říše římské. Renesance zase rehabilitovala platonismus, který oslabil pouto mezi vírou a morálkou. Zmíněná vazba se následně zcela přerušila v době osvícenství.

Seznámení a spolupráce Gobineaua s Tocquevillem měly pro prvního z nich klíčový význam, protože během konfrontace s jedním z nejvýraznějších evropských vzdělanců své doby si dokázal vyjasnit a utřídit vlastní postoje a teze. V roce 1843 tak zahájil cestu, která vyvrcholila – k Tocquevillově nelibosti – o deset let později uveřejněním prvních dvou dílů Pojednání o nerovnosti lidských ras. Zároveň se zásluhou korespondence obou přátel ukázaly skutečné zdroje Gobineauovy rasové ideologie. Je možné, že bez úvah o vztahu mezi morálkou, civilizací a dějinami, k nimž ho vyprovokoval Alexis de Tocqueville, by Arthur Gobineau k teorii rasy vůbec nedospěl.