Když Rüya jednoho dne zničehonic opustí svého muže, zanechává za sebou jen kratičký, nic neříkající dopis. Galip, jenž svou ženu bezmezně miluje, se rozhodne nalézt ji za každou cenu. Pátrání po Rüye je také pátráním po Galibovu nevlastnímu bratrovi, Celâlovi, známém novináři, který rovněž záhadně zmizel, i když noviny nadále každý den uveřejňují jeho proslulé sloupky. Galip se vydává do nekonečných ulic Istanbulu, bloudí mezi mešitami, bazary, sídlišti a centry politických aktivistů, v podsvětí mezi mafiány, prostitutkami a narkomany, mezi dervíši i lidmi z chudinských předměstí, sleduje v kině laciné turecké a americké filmy, na něž kdysi s Rüyou chodívali, bloumá po krámcích a knihkupectvích a všude naráží na stopy, které by ho mohly dovést k Rüye a Celâlovi. Také se ponoří do Celâlových sloupků, které pojednávají o všech myslitelných tématech od vysychání Bosporu až po otázky psaní, do knih o islámské mystice, do detektivních románů, které Rüya ráda čítávala, a hledá sebemenší odkaz, který by mu prozradil, kam Rüya zmizela. Čím více Galip nalézá znamení odkazující na jeho zmizelou ženu a bratra, tím víc se zároveň noří do vlastní minulosti, a vše pro něj najednou získává nové významy. A když nakonec hrozí, že novinám dojde zásoba Celâlových starých článků, zbývá Galipovi již jen jediný krok k úplné proměně: Galip se stává Celâlem a píše sloupky místo něj, zatímco Celâl a Rüya se stávají obětmi záhadného atentátu...

Galibova spletitá cesta je vlastně putováním člověka k sobě samému, o níž hovoří středověká díla islámské mystické literatury, Rúmího Mesneví, Attárova Logika ptáků či epos Krása a láska Şeyha Galiba. Černá kniha sleduje poměrně věrně toto starobylé schéma, na něž poukazují i symbolická jména hlavních postav: Galip jako paralela k Şeyhu Galibovi, v Celâlovi vidíme Celalettina (Džaláluddína) Rúmího a jmeno Rüya, „sen“, je stejně alegorické jako Hüsn (Krása) nebo Aşk (Láska). Tím samozřejmě nejsou paralely zdaleka vyčerpány. Pamuk přebírá z tradičních mystických děl desítky příběhů a alegorií, ze „světských“ děl klasických blízkovýchodních literatur jako např. z Tisíce a jedné noci zase techniku příběhů vložených do příběhů. Pamukovým inspiračním zdrojem jsou ovšem i díla západní literatury, na něž nalezne trpělivý čtenář nespočet odkazů. Pamuk tak zcela vědomě vytváří propojení mezi „východní“ a „západní“ literární tradicí a úplně otevřeně na ně na mnoha místech poukazuje, cituje je, popř. se jejich přebírání přímo sebeironicky vysmívá. Vzniká jakási obdoba toho, čím je charakteristická celá turecká společnost – tedy syntéza „západního“ a „východního“ (jakkoliv je toto vymezení imaginární), aniž by jedno nebo druhé mělo jasné kontury.

Černá kniha ale není ohraničeným románovým příběhem, nýbrž v podstatě koláží, kdy se hlavní dějová linie rozbíhá do spousty drobnějších příběhů a kdy se vyprávění hlavního hrdiny střídá s Celâlovými sloupky. Právě Celâlovy články pak směřují román i na metafiktivní úroveň, neboť reflektují proces psaní a vzniku literatury. Černá kniha je románový opus, který je možno číst mnoha způsoby: jako napínavý detektivní román, román milostný, postmoderní román plný parodie, intertextuality a metafikce, encyklopedii Istanbulu či snahu rehabilitovat tradiční způsoby východní narace. Je to labyrint vyprávění, v němž by se čtenář lehko ztratil, nebýt neuvěřitelné síly vyprávění, která drží všechny složky pohromadě.