Narodil se 3. února 1815 ve vesničce Toužín (dnes součást Dačic) do rodiny rolníka. Po ukončení dačické základní školy odešel na gymnázium do Znojma, následoval Hradec Králové, kde byl jedním z jeho profesorů Václav Kliment Klicpera. Právě tento významný dramatik a obrozenec v něm probudil národní cítění. Přání nastoupit na studia filozofie se však Mikšíčkovi nesplnilo kvůli zhoršené známce z mravů. Roku 1835 proto začal studovat chirurgii na vídeňské josefínské akademii. Za dvě léta se z Vídně vrátil a poté, co v Litomyšli dokončil gymnaziální vzdělání, nastoupil roku 1838 na univerzitu v Pešti, kde si k medicíně přibral i vysněnou filozofii. Posledním studijním místem se stalo Brno, kde také zakotvil natrvalo.

Po návratu na Moravu se začal naplno věnovat literární činnosti. Vedle tvorby pohádek a pověstí dopisoval do celé řady v té době významných periodik – do Květů, Vosy, Moravské orlice, Moravských novin a výraznou měrou přispěl k založení významného časopisu Týdeník. Vzhledem k finančním problémům pracoval nějakou dobu i jako knihkupec.

V roce 1847 se Matěj Mikšíček dostal do hledáčku rakouských úřadů za to, že prý spolu se svojí snoubenkou Veronikou Vrbíkovou přechovával, šířil a pašoval velezrádné a ilegální knihy (pro bližší představu o paranoii tehdejší rakouské policie: jedním z těchto nebezpečných titulů měl být i Komenský). O rok později se Mikšíček přirozeně zapojil do revolučních událostí, byl i jedním z účastníků Slovanského sjezdu. Nejhorlivěji se však angažoval po boku Slováků – patřil mezi blízké spolupracovníky slovenských obrozenců, jako byli Ľudovít Štúr či Jozef Miloslav Hurban, a aktivně se podílel na organizaci slovenských jednotek v boji proti Maďarům. Se Slováky přišel Mikšíček poprvé výrazněji do styku v době studií v Pešti, kdy se velkou měrou zasloužil o rozvoj slovenského dramatického umění (stál např. za založením divadelní scény ve Zvolenu). A byl to právě Mikšíček, kdo z Horních Uher „přenesl“ známou a oblíbenou píseň Hej, Slováci! do českých zemí, kde zlidověla pod názvem Hej, Slované a až do vyhlášení Československa fungovala jako neoficiální hymna Čechů a Moravanů.

Až do května 1849, kdy byl zatykač na jeho osobu zrušen, se skrýval u přátel na Dačicku. S příchodem Bachova absolutismu a několikaletého útlumu kulturního a politického života českého živlu se usadil i Mikšíček. V roce 1952 nastoupil k Severní dráze císaře Ferdinanda a zanedlouho se oženil se svojí dlouholetou snoubenkou Veronikou. Dřívější vypjatý radikál se ve stáří stal člověkem se silně defétistickými sklony – např. revoluci 1848 odsoudil jako zbytečné „rachocení“, bez kterého by český národ byl dále. Kromě toho v něm narůstal pocit zneuznání – zatímco jeho vrstevníci postupně odcházeli, mladí národovci jeho dřívější zásluhy neuznávali, což jeho trochu ješitné povaze dost vadilo. Zemřel 12. března 1892 v Brně.

Význam Mikšíčkovy tvorby publicistické (třebaže i v ní lze nalézt několik bezesporu zajímavých fragmentů) je ovšem zanedbatelný proti jeho práci folkloristické. Jako jeden z prvních se zaměřil na sběr lidové slovesnosti, především v oblastech západní a jižní Moravy, v jeho rozsáhlé práci však najdeme i materiál z Hané, opavského Slezska či Valašska. Své pohádky, kterým nechybí svérázný humor, příjemná lidovost, ale ani přílišný důraz na víru, moralizátorství a brutalita, vydával pouze ve čtyřicátých letech. Nejprve mu vyšla monumentální čtyřsvazková Sbírka pověstí moravských a slezských (1843–1845), v roce 1845 k ní přidal ještě Národní báchorky (2 svazky). O dva roky později vydal Pohádky a povídky lidu moravského. Mikšíčkovy pohádky se již za jeho života staly vítaným zdrojem inspirace dalším autorům a v průběhu dalších let se dočkaly několika vydání (např. Sedlákův mlýnek, 1961). U příležitosti dvousetletého narození svého rodáka vydalo město Dačice sbírku Mikšíčkových humorných pohádek Klipy klap (2015), v roce 2014 vyšly v brněnském nakladatelství Jota Moravské národní pohádky.

Příchod Bachova absolutismu utlumil i Mikšíčkovu literární tvorbu. Za jediné větší dílo poté, co bylo „jaro národů“ utopeno v krvi, lze považovat snad jen jeho životopis Bublinka ze života moravského z roku 1868. Dílo se vyznačuje žánrovou pestrostí – dokumentární styl, který je pro žánr životopisu typický, přesahují tendence k beletrizaci. Už skutečnost, že autor nepíše v první osobě, ale své osudy skryl za postavu Mirovíta, svědčí o tom, že čtenáře neustále nechává na vážkách, nakolik jsou osudy tohoto Mirovíta reálné, nebo fiktivní (ostatně k fabulaci měl Mikšíček silné sklony i ve svých novinových článcích). I přes moralizátorské tendence a ne zcela čtivý styl je však Mikšíčkova autobiografie cenným pramenem pro studium politického a společenského dění v posledních dvou dekádách první poloviny 19. století.